福建医科大学附属第二医院第二临床医学院是闽南地区最早的一所三级甲等综合性医院及博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院[1] 。2000年成为福建医科大学附属第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位。医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平，其中自身免疫风湿病专业省内领先。现任院长是我省自身免疫风湿病学科带头人、博士生导师、国家卫生部有突出贡献中青年专家。
医院原址地处历史文化名城---侨乡泉州，占地23.07亩，建筑面积44557平方米，2006年市政府在东海组团划拨142.6亩建设我院“东海分院”，该项目现已纳入泉州市十一五发展规划，列为重点项目。
医院病床编制670张，在编职工1046人，具备高级职称186人，其中正、副教授91人，有博士研究生导师4人、硕士研究生导师35人，享受国务院特殊津贴专家4人、卫生部有突出贡献中青年专家1人。担任专业学会主任委员1人，各专业学会副主任委员（副会长）20人、常务委员（常务理事）30人、委员（理事）86人。