福建医科大学附属第二医院、第二临床医学院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合性医院之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院。2000年成为福建医科大学第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位,2012年成为福建医学会变态反应学分会主任委员单位。
医院病床编制1470张，设有鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，目前开放病床1135张；在建的东海院区占地142.6亩，规划床位1000张。此外还设有非行政隶属分院石狮市医院和晋江市医院。目前医院有在编人员1247人，合同制人员614人，高级职务人员265人，其中正教授22人、副教授93人，有卫生部有突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家5人、全省百千万人才6人、全省卫生系统跨世纪学术和技术学科带头人19人、福建医科大学学科带头人10人，兼任国家、省、市专业学会主任委员10人，各专业学会副主任委员（副会长）44人、常务委员（常务理事）83人、委员（理事）181人，有博硕士281人。
医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平。目前眼视光学与低视力康复及国内首创的支气管封堵术等专项技术达国际先进水平，过敏免疫风湿病学、胎儿和介入性超声、支气管镜介入、脑卒中筛查、骨质疏松性骨折预防、微创技术、粒子植入、骨科生物力学、picc等技术处于国内先进水平，其中风湿病与自体免疫病学是福建医科大学重点培育学科，医院是国家卫生部脑卒中筛查与防治基地、卫生部骨质疏松性骨折二级预防项目协作单位, 是卫生部和中国残联认定的低视力康复工程试点单位，是福建医学会风湿病学分会及过敏反应学分会主任委员单位，目前正在创建国家级呼吸内镜培训基地。医院是泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心。
医院拥有核磁共振成像系统（mri）、数字减影血管造影机(dsa)、双源ct、数字化胃肠造影机、流式细胞...