医院把“科技兴院、规范管理”作为内涵建设的重心。把现代化综合型观念融入中医医院建设之中，提高整体综合功能，落实诊疗规范，加强质量控制，提高中医治疗率，扩大单病种管理范围，推行整体护理，加强院感控制，开展放心药房活动，强化医疗安全教育，规范临床教育管理模式，做好仪器设备更新提档，从各个环节做到“人员素质达标，管理达标，质量达标，等级达标”。目前，年门诊工作量28万人次，年住院量8000人次。
医院坚持以中医学术为主体的办院方向，坚持把中医专科(专病ff09作为医院内涵建设的重点，将“人有专长、科有特色、专业有突破口”为技术发展的中心工作，推行“树名医、创名科、以人带科、以科带院”战略，把握好“五专”(专家、专病、专药、专科、专技)为核心的中医专科(专病)发展方向。把发病率高、西医药无满意疗效、而中医药有特色、有优势的病种，作为专科(专病)建设重点，在重点病种或病种的重要环节上明确学术与技术主攻方向。目前，针灸专科、中医妇科专科、中西医结合脑血管专科是福建省中医重点专科，在省内外及东南亚一带均有一定声誉。中医肾病专科是第四批省级重点中医专科建设项目，蛇伤科、肛肠科、骨关节病和腰腿痛专科是第一批市级中医重点专科。
外科系统建立了icu病房，配备德国evita—ⅱ全自动呼吸机、csi—507sd多参数监护仪、日本美能tc—ui自动牵引床、洁净手术室、麻醉科配有德国蛇牌gk05022双极电凝、ry—11多功能麻醉机、多功能手术床、高频电刀等，全面开展颅脑、胸腹、泌尿及骨伤、妇产科等大、中型手术。
重视科教工作，医教研同步发展。医院设有7个临床教研室，5个专病研究室。建院以来，获国家中医药科学技术进步奖1个，福建省政府科技进步奖3个，福建省卫生厅医药卫生科技成果奖等7个，泉州市人民政府科学科技进步奖25个。2002年7月，成为福建中医学院临床医学研究生教学医院以来，累计招收硕士研究生53 人。
随着改革开放不断深入，医院已形成医疗特色突出、临床疗效显著、医院功能健全、管理水平较高、医德医风良好的社会主义医院，医院以“一流医术、一流服务”为宗旨，竭诚为海内外同胞服务。